Гражданская портовая деятельность в бухте Севастополя возникла и развивалась вместе с городом. Географическое положение Севастополя, уникальность Севастопольской бухты предопределили судьбу порта. 22 февраля 1784 г. (по новому стилю - 6 марта) Екатериной II был подписан манифест "О свободной торговле в городах Херсоне, Севастополе и Феодосии", объявлявший порты указанных городов открытыми для международной торговли. "…Сей город… Севастополь… одаренный превосходною морскою пристанью… в рассуждении выгодности… повелеваем открыть для всех народов, в дружбе с империею нашей пребывающих, в пользу торговли их с верными нашими подданными. Вследствие чего сим торжественно объявляем, что все помянутые народы на собственных их или наемных судах под флагами их могут свободно, безопасно и непрепятственно к тому городу приплывать…" Отныне в Севастополь разрешалось заходить судам всех дружественных держав.

   История порта богата взлетами и падениями. В периоды военных действий на Черном и Средиземном морях (1787-1791, 1798-1799) его торговые функции приостанавливались. 7 марта 1789 г. в Севастополе была учреждена, а 22 марта открыта портовая контора, которая действовала (с перерывами) до 1804 г. В 1804 году Севастополь был объявлен главным портом Черноморского флота, с этого времени до 1867 года торговый порт в Севастополе как международный не функционировал, но оставался открытым для купеческих судов России.

   В 1856 году с целью возобновления судоходства между портами Черного и Азовского морей была создана одна из первых коммерческих пароходных компаний России - РОПиТ (Русское общество пароходства и торговли). Некоторое время помощником директора РОПиТ был Михаил Ильич Кази, почетный гражданин Севастополя. Благодаря его деятельности часть Южной бухты была передана под коммерческий порт. В 1863 году учреждается Севастопольская таможня, а в 1867 году, когда окончилась Крымская война, военный порт в Севастополе был упразднен. В город опять стали приходить суда под турецкими, греческими, английскими, итальянскими, норвежскими флагами. Началась международная торговля. Суда РОПиТ стали осуществлять регулярные рейсы на Кавказ, в Константинополь, Синоп, Галац и Лондон. В навигацию 1868 года Севастопольский морской торговый порт посетило 498 судов, в том числе 51 под иностранными флагами.

   В 1875 г. с пуском в эксплуатацию железной дороги, Севастополь был официально объявлен отпускным (экспортным) коммерческим портом. С 1880 г. началось интенсивное развитие Севастопольского коммерческого порта. Были установлены регулярные рейсы пароходов в Константинополь. Увеличивались грузо-пассажирские перевозки. Севастопольский морской торговый порт активно сообщался с американскими портами Нью-Орлеаном, Чарльстоном, Гальвстоном, европейскими - Неаполем, Генуей, Ливорно, Венецией, Тарагоной, Пиреем, Шербургом, Ниццей, Мальтой, египетскими - Александрией и Порт-Саидом. В 1884 году часть западного берега Южной бухты была предоставлена для устройства коммерческого порта (Царская пристань). К этому же периоду относят и начало круизного бизнеса в северном Причерноморье: в 1887 году пароход английской компании "Томас Кук" с отдыхающими на борту посетил порты Ялты и Севастополя.

   В 1894 г. в порту работало 5496 человек, в то время как на всех остальных предприятиях города - 1405 человек. У причалов со складов порта и из железнодорожных вагонов могли одновременно обрабатываться 20 судов. Севастопольский порт был способен отправлять 50 млн. пудов зерна в год.

   Однако, с развитием и укреплением Черноморского флота, в условиях осложнения политических отношений на международной арене, вновь встал вопрос о невозможности совмещения в Севастополе коммерческого порта с военно-морской базой. 11 мая 1890 года Комитет Министров принял решение о переносе Севастопольского коммерческого порта в Феодосию. Городской голова предлагал оборудовать каботажный порт в Стрелецкой бухте таким образом, чтобы при первой возможности она могла бы стать отпускным коммерческим портом. В 1905 году порт для внешней торговли был закрыт. В 1914 г. было окончено строительство порта в Стрелецкой бухте.

   В первую мировую войну гражданские суда составляли транспортный флот в составе Черноморского флота на черноморском театре военных действий. В 1919 году эти суда были частично возвращены владельцам. Часть судов была мобилизована для эмиграции белой армии из Севастополя и уведена в Бизерту. За время первой мировой и гражданской войны портовое хозяйство было полностью разрушено.

   Советский период деятельности Севастопольского торгового порта начинается со второй половины ноября 1920 года. Порт тогда находился в подчинении Управления Черноморско-Азовского округа морских путей сообщения НКПС РСФСР. С 1 октября 1921 г. в связи с ликвидацией округов, Севастопольский морской торговый порт был выделен в отдельную единицу с непосредственным подчинением Центральному управлению морского транспорта НКПС РСФСР. С ноября 1921 г. стало производиться взимание портовых сборов. К 1925 году Севастопольский порт стал одним из крупнейших пунктов внутренней и внешней торговли на юге.

   В период Великой Отечественной войны грузопассажирские суда были приписаны к военно-морскому флоту. Деятельность Севастопольского торгового порта снова была прервана, морской вокзал в Севастополе был разрушен. Но уже 12 мая 1944 года решением Севастопольского Горисполкома образовано Севастопольское городское пароходство. С этой даты Севастопольский порт возобновил свою деятельность как трест "Горпароходство" Севастопольского городского коммунального хозяйства. В 1950 г. Горпароходством перевозки пассажиров осуществлялись по направлениям: город - Северная, город - Корабельная, город - Инкерман, Телефонная - Экипажная.

   1 октября 1954 г. Севастопольское Горпароходство в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР и распоряжением Совета Министров СССР было передано в ведение Министерства Морского Флота СССР. В соответствии с приказами начальника Черноморского государственного морского пароходства от 9 октября 1954 г. Севастопольское городское пароходство было переименовано в Севастопольское агентство Черноморского государственного морского пароходства, принято на баланс Черноморского пароходства и подчинено Ялтинскому порту. Основной задачей предприятия являлось обеспечение бесперебойной транспортировки населения Севастополя и пригородных районов "по бухтам внутреннего рейда военного порта Севастополь". Перевалка грузов в это время утратила свое былое значение.

   В соответствии с приказом министра Морского Флота от 5 февраля 1962 г. №27 Севастопольское агентство было реорганизовано в Севастопольский морской торговый порт III разряда. Начался очередной этап активизации его деятельности. В 1968 г. было введено в эксплуатацию новое здание морского вокзала. В 1970 г. было закончено строительство пассажирского причала в Артбухте, построен причал ГРЭС.

   В декабре 1975 года Министерство Морского Флота присвоило Севастопольскому морскому торговому порту II разряд. В 1981 году введен в строй причал грузового района, появилась дополнительная возможность заниматься грузопереработкой. В 1983 году построен еще один пассажирский причал в Артбухте. В 1984 году в портофлоте насчитывалось 37 пассажирских катеров, 3 парома, 7 единиц служебно-вспомогательного флота.

   В начале и в середине 90-х годов порт переживал сложное время: сменился экономический уклад общества, обострились кризисные явления, связанные с образованием СНГ, необходимо было выбирать новые приоритеты, искать пути выживания и дальнейшего развития. Положение усугублялось тем, что с 1992 по 1997 год порт находился в коммунальной собственности. Накопилось много проблем экономического и юридического характера. За их решение в 1996 году взялось новое поколение руководителей порта во главе с начальником порта В.Очкуренко. Порт был вновь передан в сферу управления Министерства транспорта Украины.

   Выработке новой стратегии способствовало изменение общей концепции развития Севастополя с военного на гражданское направление. Был взят новый курс на открытие порта как международного. Была сформирована нормативная база, укрепляющая новый статус порта. Распоряжением Кабинета Министров Украины номер 443-Р от 20 июля 1996 года открыт пункт пропуска через государственную границу Украины в Севастопольском морском торговом порту для международного сообщения, с правом захода иностранных невоенных судов, что дало возможность к 2003 году увеличить общее количество судозаходов на 32%.

   В 1997 году порт получил статус международного и развивается сейчас в соответствии с этим статусом. В 2003 г. порт принял более 70 туристических круизных судов, в 2004-м - около 100 судов. Это крупнотоннажные высокобортные суда с условным объемом от 50 до 95 тыс. м³, длиной от 180 м до 240 м - такие как "Silver", "Wistafjord" или "Europa", а также суда типа "река-море" АСК "Укрречфлот" с иностранными туристами на борту. И это дополнительные доходы не только для порта, но и для города.