Получается "Жемчужный" и "Гранитный" надписи нанесены краской, а вот "Изумрудный" имел буквы из металла. "Рубиновый" также из металла имел буквы, или так показалось по виду шрифта)

"Изумрудный", судя по всему, тогда "хозяйский" был. Кроме букв - эмблема рядом с названием, здесь на виде спереди буква "И" ещё.

По фото хорошо видно различие в расположении пассажирской двери в салон, на Жемчужном она смещена вперёд в отличии от Гранитного, там такого большого промежутка нет.  Двери своими силами в каждом отдельном катере врезали по месту?

Да. К примеру, по трём "Радугам" первой серии в таблице есть примечание о том, что в сентябре 1969 года оборудованы дополнительные двери для зимней эксплуатации.