Исходя из имеющихся фотографий, получается, что у первой серии таких катеров (1949-1950 гг.) окна с постройки были квадратные / прямоугольные. А круглые на более поздних снимках, похоже, относятся ко второй серии, построенной в 1953 году, и к переоборудованиям отношения не имеют. Правда, подтверждение с видимым номером катера на снимке до сих пор есть только одно (МА-5): https://sev-transport.info/photo/89-0-12205.

Максимально утилитарное транспортное средство (пассажирский салон - от носа до кормы), при этом не лишенное изящества. Жалко, что в живом виде до нас они не дошли (питерский не в счет, он давно перестроен), да и фото с ними не так много. На счет окон - интересно. Разделения пассажирские/служебные не могло быть? Вроде нет. Может у больших окон не смогли обеспечить должной гидроизоляции и они протекали, поэтому их иллюминаторами и заменили? Тоже сомнительно. В любом случае имхо с большими окнами катера этого проекта выглядят лучше, да и пассажирам, запертым в железном ящике, с ними должно быть комфортнее.

Выглядят действительно лучше, причин отказа от них не знаю пока. Могу предположить ещё недостаточную жёсткость корпуса по линии окон. Мы как-то привыкли к эволюции в советский период от круглого к квадратному, а здесь наоборот получается.
И ещё немного странно, что вся эта серия снимков в архиве автора подписана 1948 годом, хотя думаю, что даты были проставлены значительно позже (ведь многие из того периода и вовсе без датировки).