Исходя из имеющихся фотографий, получается, что у первой серии таких катеров (1949-1950 гг.) окна с постройки были квадратные / прямоугольные. А круглые на более поздних снимках, похоже, относятся ко второй серии, построенной в 1953 году, и к переоборудованиям отношения не имеют. Правда, подтверждение с видимым номером катера на снимке до сих пор есть только одно (МА-5): https://sev-transport.info/photo/89-0-12205.

Максимально утилитарное транспортное средство (пассажирский салон - от носа до кормы), при этом не лишенное изящества. Жалко, что в живом виде до нас они не дошли (питерский не в счет, он давно перестроен), да и фото с ними не так много. На счет окон - интересно. Разделения пассажирские/служебные не могло быть? Вроде нет. Может у больших окон не смогли обеспечить должной гидроизоляции и они протекали, поэтому их иллюминаторами и заменили? Тоже сомнительно. В любом случае имхо с большими окнами катера этого проекта выглядят лучше, да и пассажирам, запертым в железном ящике, с ними должно быть комфортнее.

Выглядят действительно лучше, причин отказа от них не знаю пока. Могу предположить ещё недостаточную жёсткость корпуса по линии окон. Мы как-то привыкли к эволюции в советский период от круглого к квадратному, а здесь наоборот получается.
И ещё немного странно, что вся эта серия снимков в архиве автора подписана 1948 годом, хотя думаю, что даты были проставлены значительно позже (ведь многие из того периода и вовсе без датировки).

О внутреннем устройстве и "комфорте" таких катеров - из воспоминаний Евгения Репенкова на его сайте Детско-юношеской футбольной лиги Севастополя (страница https://dyfls.ru/rodina-detstva/).
------------------
Вмещал такой катер порядка 100-150 человек, которые располагались в единственной надстройке, занимавшей весь корпус судна. Внутри, по всему периметру вдоль борта располагалась длинная скамья, а вдоль находившегося по центру надстройки большого короба, под которым в трюме располагалась машина, шла вторая скамья.

Еще несколько скамей стояло в носовой и кормовой частях надстройки, на крыше которой располагалась рулевая рубка, к которой вела открытая лестница - трап.

Мы, мальчишки, через световые люки, располагавшиеся вверху короба, любили смотреть на то, как огромные мотыли поршней этой машины совершали свое безостановочное, мощное и завораживающее движение.

Световые люки над машинным отделением постоянно были в открытом положении, и надо ли говорить о том, что во время движения катера в надстройке стоял невообразимый грохот, а еще через них в помещение попадал горячий и пахнущий машинным маслом воздух!

Зимой, в неотапливаемом помещении он был благом, а вот летом стояла страшная духота! Ведь в надстройке не было окон, а только никогда не открывавшиеся маленькие корабельные иллюминаторы!  Выручали двери, которых было пять. Четыре пассажирские - по две с каждого борта, и одна на корме.

Несколько позже вместо иллюминаторов все-таки сделали окна. Света конечно, стало больше, но другие условия для пассажиров от этого не улучшились!

Мемуары конечно еще тот источник информации, но тут упоминается, что вначале были иллюминаторы, а потом сделали нормальные окна (как мы предполагали изначально)

Я обратил внимание, но здесь тоже возможны варианты: либо воспоминания могут подводить, либо сначала попадались на инкерманском маршруте поздние катера, а потом могли появиться ранние (которых заменили более новыми типами на других линиях), либо что-то всё-таки делали с иллюминаторами, но это не встретилось пока на снимках...